Um sádico Daimyo (senhor feudal) estupra uma mulher e assassina tanto ela quanto o marido, mas mesmo quando um de seus vassalos comete suicídio para chamar a atenção para o crime, o assunto é rapidamente abafado. Não só não haverá punição, mas como o Daimyo é o irmão mais novo do Shogun, ele logo será nomeado para um alto cargo político, de onde poderá causar ainda mais estragos. Convencido de que o destino do Shogunato está em jogo, um plano é arquitetado para assassinar o Daimyo. As duas mentes estratégicas mais brilhantes de sua geração se veem confrontadas; uma é encarregada de defender um homem que despreza e tem um pequeno exército à sua disposição. O outro recebe uma missão suicida e conta com 12 homens corajosos. Eles são os 13 Assassinos.